Perhimpunan Agung PAS ("Muktamar") memilih Presiden parti, Timbalan Presiden, tiga Naib Presiden dan Jawatankuasa Kerja Pusat berbilang anggota. Perhimpunan diadakan setiap tahun, tetapi pilihan raya hanya berlaku pada setiap tahun kedua. Perhimpunan ini terdiri terutamanya daripada perwakilan yang dipilih oleh bahagian tempatan parti masing-masing.[50] Pentadbiran harian parti itu dijalankan oleh Setiausaha Agungnya, kedudukan yang dilantik oleh kepemimpinan parti.[51] Jawatankuasa Kerja Pusat secara konstitusional adalah badan pembuat keputusan utama parti, walaupun keputusannya rentan untuk dibatalkan oleh Majlis Syura, sebuah badan yang tidak terpilih yang terdiri hanya ulama-ulama Islam dan dipimpin oleh Mursyidul Am.[52] Hubungan antara badan-badan pentadbiran yang berlainan dalam parti kadang-kadang menyebabkan konflik. Pada 2014, Jawatankuasa Kerja Pusat mengundi untuk menyokong pencalonan Wan Azizah Wan Ismail, Presiden Parti Keadilan Rakyat (PKR), untuk menjadi Ketua Menteri kerajaan Pakatan Rakyat di Selangor. Abdul Hadi Awang, sebagai presiden PAS dan dengan sokongan Majlis Syura, membatalkan keputusan itu dan menamakan calon yang berbeza.[53]

Parti itu mempunyai tiga sub-pertubuhan yang diiktiraf bagi kategori anggota parti yang berlainan: Dewan Ulama untuk ulama Islam, sayap wanita ("Dewan Muslimat") dan Dewan Pemuda. Setiap sayap memilih kepimpinannya sendiri di dewan amnya sendiri[53] Terdapat sayap keempat untuk penyokong bukan Islam parti, walaupun ia tidak mempunyai kedudukan yang diiktiraf dalam struktur parti seperti tiga sayap lain.[50] PAS mempunyai kira-kira satu juta ahli,[54] lebih daripada mana-mana pihak pembangkang lain di Malaysia.[55]